中医外科学学位点于1959年（建校之初）建立，2000年获得国家教育部硕士学位授权点，2013年获得国家教育部博士学位授权点（学校首批）。随着中医外科学位点人才的培养，2012年学科成为国家中医药管理局、安徽省重点学科和国家中医药管理局、安徽省重点专科；2014年成为国家临床重点专科。随着安徽省中医药科学院的成立，以中医外科学学科点为基础构建并成立了中医外科研究所。

学位点先后主持科研项目80余项，其中包括国家重点建设专项1项；国家自然科学基金项目3项，目前学位点在研科研经费500余万元。先后获得省部级科技奖励3项；国家发明专利1项。主编新安医学特色教材《新安医学外科骨伤科精华》1部；副主编全国中医药行业高等教育“十二五”和“十三五”规划教材《外科学》2部；副主编《中医外科病案教学》和《现代中医临床辨病治疗学》研究生辅助教材；参编全国中医药行业高等教育“十二五”和“十三五”规划教材《中医外科学》、《中西医结合外科学》、《中国中西医结合皮肤性病学》6部。现已培养60余名硕士研究生，2名博士研究生。

本学位点特色优势明显，基于传统中医药和现代外科技术相结合的层面上，全面提升学位点培养学生的科研、工作能力。例如在胃肠肿瘤根治术后早期应用中药，减少术后并发症的发生和防治肿瘤术后复发；解决肝内外胆管结石术后结石残留和复发问题，本学科在该方向已发表多篇论文，在省内外已经有了较高声誉，目前省内领先，国内处于先进水平，正在向国内一流学科迈进。在肛肠疾病研究中发挥中医药的外治法优势，联合手术治疗痔、肛瘘等难治性疾病，目前省内肛肠外科人才，几乎都是本学科培养。在皮肤疾病研究中应用中医中药内治法联合外治法，发挥自行研制的院内特色制剂，防治难治性皮肤科疾病，在省内外，培养出一批又一批实力突出、特色鲜明的专业人才。